過濾器對于滴灌系統的操作至關重要。許多設備和管理技術依賴于清潔灌溉水。根據水源、沉淀池、自清潔抽吸裝置、砂分離器、介質過濾器、篩網過濾器和盤式過濾器與滴灌系統一起使用。保持滴水系統沒有碎屑至關重要，大多數堵塞會影響整套系統的流暢。

篩網和盤式過濾器的特征在于水穿過過濾器孔的尺寸。開口的大小由過濾器的網格大小決定。網格尺寸與過濾器開口的尺寸成反比。比如，200目過濾器比100目過濾器過濾掉更小的顆粒。對于大多數滴灌帶，需要150至200目的過濾。對于帶有內部連接發(fā)射器的防堵塞管，100目過濾就足夠了。

沉淀池利用重力使顆粒物質沉淀到池塘底部。沙粒大小的顆粒會在幾秒鐘內沉淀下來，但淤泥和粘土大小的顆粒需要數小時、數周、數月才能沉淀下來。池塘還會滋生水生生物，這通常會導致堵塞問題。

介質過濾器是商業(yè)蔬菜生產中最常用的過濾器。它們的直徑范圍從14到48英寸，通常成對安裝。介質過濾器價格昂貴、重且大，、它可以在高流速下清潔劣質水。在介質過濾器中，12至16英寸的介質（沙子或碎石）充當三維過濾劑，將顆粒捕獲在頂部英寸或兩個介質內。

當介質充滿顆粒物質時，介質罐中的壓降增加，迫使水通過更小和更少的通道。這將最終禁用介質過濾器，要求來自一個罐的清潔水通過臟罐向后布線以清潔介質。這種“反沖洗”需要精確的流速才能使介質“跳舞”并徹底清潔。大型商用過濾器需要電子控制和液壓閥來輸送水。通常，清潔介質罐的壓降為2至3psi。當介質過濾器上的壓差達到給定水平時，通常比罐清潔時高5到8 psi，是時候對過濾器進行黑色沖洗。